如果主驾驶脚垫下有水，首先要尽快排出积水，并查找积水的原因，采取相应的措施。

具体操作方法如下：

1. 排出积水：可以使用细管吹出脚垫上的积水，或者将脚垫拆下晾干。

2. 查找原因：如果是天窗或车门密封条老化泄漏，应及时更换新的密封条和车门密封条。如果是洗车后残留，尽量不要在雨天或湿润时洗车。