绫波丽的真实身份是NERV使用第二使徒莉莉丝的灵魂，碇唯的DNA制作出来的克隆人，是作为莉莉斯灵魂的容器而存在，本质上可以看作是一个长成碇唯样子的莉莉丝分身。同时，她也是以往经历、资料被完全抹消的EVANGELION第一适格者，EVA零号机以及九号机驾驶员。是以消失于初号机启动实验中的碇唯的组成实则为溶解了肉体组成的LCL为样本，自身本体使用了被称为莉莉丝的第二使徒的体细胞制造出来的克隆人。作为莉莉丝灵魂的容器，绫波丽每次死亡之后可以将灵魂完全转换到一具新的克隆人身上，但记忆无法完全保留。