绫波丽的真实身份是NERV使用第二使徒莉莉丝的灵魂，碇唯的DNA制作出来的克隆人，是作为莉莉斯灵魂的容器而存在，本质上可以看作是一个长成碇唯样子的莉莉丝分身。同时，她也是以往经历、资料被完全抹消......