1、生产不同：黑苍蝇是卵胎生，卵在肚子里先发育成幼虫才生产，而绿头苍蝇是完全卵生。

2、食性不同：绿蝇对腐肉更加敏感，常聚集在高度腐败的蛋白质周围，比如腐肉、动物尸体，对糖类不太感兴趣。黑苍蝇正好相反，黑苍蝇对糖类比较感兴趣，还对动物的粪便感兴趣。

3、活动场所不同：绿头苍蝇的活动场所主要是室外，黑色苍蝇的活动场所广泛。