自花授粉和异花授粉的方法不同，自花授粉是同株植物的花粉，对同株植物的雌蕊授粉，异花授粉也就是不同植株、不同花朵之间的授粉。植物结构也是不同的，自花授粉是两性花植物，可分为同花雌蕊和和雄蕊之间授粉，也就是同花授粉，还有就是一个花序中不同花之间授粉，异花授粉就是雌蕊和雄蕊不是同花，有的都不是同株植物。