一、联系：

分子和原子都可以直接成为构成物质的最小微粒。比如水分子构成水这种物质，氦原子直接构成氦气。分子是由原子构成的。具体为分子是由原子之间共用电子对形成的稳定的原子聚合体。

二、区别：

分子在化学反应中保持物质的化学性质，而原子不能。原子是化学反应中的最小微粒，分子大于原子。在化学反应中，分子可以再分为原子，但原子不能再分。