在细胞周期中，间期、早期或中、晚期，某些染色质或染色质的某些部分的固缩常较其他的染色质早些或晚些，其染色较深或较浅，具有这种固缩特性的染色体称为异染色质。

异染色质具有强嗜碱性，染色深，染色质丝包装折叠紧密，与常染色质相比，异染色质是转录不活跃部分，为非活性转录区，真核生物可以通过异染色质化而关闭基因的表达。多在晚S期复制。