水体具有自净能力是因水体中的微生物氧化分解有机物而使得水体得以净化。有机的自净过程，通常分为三个阶段。靠前阶段是易被氧化的有机物所进行的化学氧化分解。该阶段在污染物进入水体后数小时之内即可完成；第二阶段是有机物在水中微生物作用下的生物化学氧化分解。该阶段持续时间的长短随水温、有机物浓度、微生物种类与数量等而不同。常要延续数天，但被生物化学氧化的物质常在5天内可全部完成；第三阶段是含氮有机物的硝化过程。这个过程最慢，通常需要持续一个月左右。