发动机故障灯闪烁车发抖的原因可能有以下几种：

1. 发动机混合气燃烧不良：火花塞、点火线圈或高压线发生故障，导致混合气不能正常燃烧，从而导致发动机抖动。

2. 发动机的零部件磨损：个别缸的缸压不足，导致发动机工作不平稳。

3. 发动机传感器或执行器出现故障，导致发动机过稀或过浓，从而造成发动机抖动。

4. 发动机过脏或燃油滤清器堵塞，导致加速时燃烧不好，发动机动力下降，也会造成车辆抖动。

当出现这种情况时，应前往专业修理厂进行检测和修理。在日常使用中，定期更换机油和滤清器，定期检查并更换易损件，都可以保持车辆的正常运行。