神农架深处被列为禁区的原因主要是保护生态环境和保护珍稀濒危物种。神农架位于中国中部，拥有丰富的生物多样性和独特的自然景观。为了避免人类活动对这个地区的破坏，限制人类进入是必要的措施。该地区有许多珍稀植物和动物，包括国家一级保护动物大熊猫等，这些物种需要受到特殊保护，禁区的设立可以减少人类活动对它们的干扰。此外，神农架的地理位置独特，有着丰富的自然资源和生态系统，这也是设立禁区的重要原因之一。