河豚的肝、脾、肾、卵巢、睾丸、眼球、皮肤及血液均有毒。以卵、卵巢和肝脏最毒，肾、血液、眼睛和皮肤次之。

河豚鱼的有毒成分是河豚毒素，它是一种神经毒，人食入豚毒0.5到3毫克就能致死。毒素耐热，100摄氏度下8小时都不被破坏，120摄氏度经1小时才能破坏，盐腌、日晒亦均不能破坏毒素。该毒素是强烈的神经毒素，很低浓度的河豚毒素就能选择性地抑制钠离子通过神经细胞膜。