分子间由于存在相互的作用力，从而具有与其相对位置有关的能，即分子势能。分子势能大小是由分子间的相互作用力来决定。

分子间相互作用力主要由分子种类、结构(极性)、分子间的相互距离、分子间的组合形式等因素来决定。

特别的，对于气体分子，其分子间间隔非常大，通常可以近似认为分子间的相互作用力为0，即势能几乎为0，所以气体内能一般是指分子动能的大小。在精确度较高不能忽略势能时，其分子间的距离对气体势能大小起到了决定性的作用。间距越大，势能越小。