杨涟是被许显纯用大铁钉钉入头部而死。

七月庚申夜里，许显纯令缇骑在狱中处死杨涟，并先后以“土囊压身，铁钉贯耳”等手段加害杨涟，但杨涟并未身亡，天启五年农历七月二十四日，许显纯以一枚大铁钉钉入杨涟头部，最终将其害死。

在临刑前，杨涟咬破手指写下***一封，称“欲以性命归之朝廷，不图妻子一环泣耳”。