脊索动物门哺乳纲类动物。穿山甲是特化物种、视觉基本退化，尤以嗅觉灵敏。

穿山甲的肝脏不大，肝解毒功能弱，免疫系统弱。穿山甲属于单室胃，胃中披着角质膜，胃腺部的黏膜处密布许多呈“S”型的皱襞，借吞食时吞进胃中的小砂石将食物磨碎。穿山甲肠管表面平滑，小肠长。