昆山站和昆山南站的区别在于位置、占地面积、建立时间等。昆山站即昆山火车站，于1905年建于江苏省昆山市玉山镇，是京沪高速铁路和宁沪城际铁路干线的交汇点，截止2021年总占地面积为10205平方米，有四个候车室，28个售票窗口，日均办理列车268列。

昆山南站位于江苏省昆山市创业路南，于2010年7月1日开始投用，建筑面积7.1万平方米，有四个站台，十二条线，其中正线4条，到发线8条，连接京沪高速铁路、沪宁城际铁路和沪汉蓉铁路，距离昆山站1.7公里。