学会挂靠于中华人民共和国卫生部，是中国科学技术协会的组成部分。中华预防医学会1996年加入世界公共卫生协会联盟（“联盟”），是“联盟”执委会执委（2000-2019）、提名委员会和奖励委员会的成员（2019-2019）。
中华预防医学会成立于1987年，先后于1987年，1992年，1999年和2019年共召开了4届全国会员代表大会。原卫生部副部长何界生曾任第一、二届会长，曾毅院士任第三届会长，卫生部原副部长王陇德任第四届会长。