主要，拼音是zhǔyào，意思是指事物中关系最大、起决定作用的。

只是，读音为zhǐshì，汉语词语，意思是仅仅是；不过是。就是。一直；一味。表示轻微的转折。只因为。

总而言之，两者区别在于，主要意思是指事物中关系最大、起决定作用的；只是:仅仅是...有提出疑问的意思。